内閣府政府広報室の世論調査により、君が代を国歌とすることについて大部分の国民に受け入れられていることが明らかとなっている[14]。ただし、君が代の歌詞への反対意見や、教育現場での君が代斉唱反対運動は現在でも続き、賛否両論が対立している。
肯定的立場からは、事実上の国歌として歌われてきた明治以来の伝統を重視するリベラル寄りの意見もあれば、政治的背景とは無関係に日本的な曲であって国歌に最もふさわしいとする意見、国民は愛国心を持つべきであるから『君が代』を歌うことでその意識を高めなければならないとする主張や、天皇への忠誠心を涵養する目的をはっきり表明する尊王的な意見もある。
反対の立場からは、歌詞は天皇崇拝の意味合いが強く（君＝天皇）、軍国主義を象徴しており、君主制ではない日本にはふさわしくないとする意見がある。これに対して立憲君主制の国歌（たとえばイギリスの『女王陛下万歳』など。）と比較しても極端な天皇賛美の意味はなく、天皇象徴制の国歌ではごく普通の国歌だと考える意見もある。また、軍国主義的だという点から見ても、古い軍歌であるラ・マルセイエーズを国歌としているフランスを始めとして、過激な軍歌調或いは軍歌そのものの国歌を持っている国は多く、君が代が特別軍国主義を象徴するものではないとする意見もある。
君が代の歌詞が難解、雰囲気が陰鬱という点を取り上げて、君が代が好きになれないという意見を述べる者もいる。石原慎太郎は、毎日新聞（1999年3月13日付）のインタビューにて「日の丸は好きだけれど、君が代って歌は嫌いなんだ、個人的には。歌詞だってあれは一種の滅私奉公みたいな内容だ。新しい国歌を作ったらいいじゃないか」と答えている。
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また、小さな石が大きな岩になるという内容が非科学的であるという批判も一部にある。これに対して細石（さざれ石の項目を参照）についての詳細など、先に述べた歌詞の正確な内容がほとんど知られていない事による誤解が広まっている。小さな砂粒が大きな石になる例には、細石やストロマトライトなどが知られており、またチャート（SiO2）や石灰質岩により他の岩石破砕物を固結する例もよく見られることである。堆積岩、水成岩である砂岩や礫岩などは、砂の粒子が大きな岩体に固結する仕組みとも言える。これらは必ずしも近代的な知識ではなく、少なくとも部分的には古くから知られていたことが「さざれ石」の名からわかる。もっとも、それら「科学的反証」とは別に、そもそもこのような古典楽曲に科学的根拠を求める必要性があるのかという意見や、国歌とはいえ「詩」という文学的、比喩的表現の中に厳密な「科学性」を求めること自体がナンセンスであるともいえる。そもそも、「起こらないことが起こるまで」とは「永遠に」を意味するありふれた修辞であり、「巌となりて」がありえないとしても文学表現としては成立している。
他の反対意見には、メロディが稚拙で、盛り上がりがなく歌いづらいなどといった純粋に音楽的点を取り上げたものがある