船舶のグリーン席の設定としては、1988年まで国鉄・JRが運航していた鉄道連絡船のうち、青函航路及び宇高航路にはグリーン船室が設けられていた。そのうち、青函航路については、座席指定席と自由席とで腰掛け自体も若干仕様が異なり、指定席は一人がけリクライニングの豪華なものであった。自由席には特急・急行用のリクライニングシートから転換機能を除いたような座席と、カーペットの敷かれた枡席との2種類があった。なお、枡席のグリーン船室には、枕が備え付けられていた。宇高航路については、航行時間が短いこともあり、自由席のみであった。
これらは、鉄道連絡船の使命でもある「鉄道輸送と一体となった鉄道運輸体系の延長」であり、鉄道運賃のそれの体系を踏襲する形であった。
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また、2006年夏よりJR九州高速船の運航する国際航路ビートル号の一部にグリーン席が導入された。これは特別席の名称であり、同様に上級船室の名称でグリーン席を用いる事例もまま見られる。
事実上旧国鉄路線網の一部を構成する鉄道や、JR（旧国鉄）との相互直通運転により、自社でグリーン車を保有し、連結するケースがある。